Snahou našej asociácie je pracovať efektívne byz zbytočnej byrokracie a administratívnych resp. réžijných nákladov. Okrem príjmov, ktoré zabezpečujeme priamo cez zmluvnú činnosť v rámci odborných a expertných aktivít našich členov, sú základným zdrojom financií získané granty a finančne nenáročné členské príspevky. Organizačnú štruktúru AČE SR je možné znázorniť nasledovnou schémou.

Hlavným orgánom AČE SR je jej Valné Zhromaždenie. Medzi schôdzami valných zhromaždení koordinuje činnosť Výbor AČE SR a ním zabezpečovaný Sekretariát AČE SR. Činnost výboru kontroluje pre valné zhromaždenie Revízna Komisia. Pri plnení konkrétných odborných úloh zostavuje výbor AČE SR ad hoc odborné skupiny, prípadne programové a organizačné výbory konferencií a pod. a o ich činnosti podává informácie členskej základni AČE SR.