Snahou našej asociácie je pracovať efektívne bez zbytočnej byrokracie a administratívnych resp. réžijných nákladov. Okrem príjmov, ktoré zabezpečujeme priamo cez zmluvnú činnosť v rámci odborných a expertných aktivít našich členov, sú základným zdrojom financií získané granty a finančne nenáročné členské príspevky. Organizačnú štruktúru AČE SR je možné zhrnúť nasledovne:

Hlavným orgánom AČE SR je jej Valné Zhromaždenie. Medzi schôdzami valných zhromaždení koordinuje činnosť Výbor AČE SR a ním zabezpečovaný Sekretariát AČE SR. Aktivity Výboru kontroluje pre Valné zhromaždenie Revízna komisia. Pri plnení konkrétných odborných úloh zostavuje Výbor AČE SR ad hoc odborné skupiny, prípadne programové/organizačné výbory konferencií atď. a o ich činnosti podává informácie členskej základni AČE SR.

Zloženie výboru pre obdobie 2009 – 2011

Prof. Ing. Miloslav Drtil, PhD. – Ústav chemického a environmentálneho inžinierstva, Fakulta chemickej a potravinárskej technológie, Slovenská technická univerzita Bratislava – predseda

Ing. Marián Bilanin, PhD. – Veolia StVPS Banská Bystrica – podpredseda

Ing. Miloš Dian – Asociácia vodárenských spoločností Bratislava – sekretár

Doc. Ing. Igor Bodík, PhD. – Ústav chemického a environmentálneho inžinierstva, Fakulta chemickej a potravinárskej technológie, Slovenská technická univerzita Bratislava – hospodár

Ing. Peter Belica, PhD. - Výskumný ústav vodného hospodárstva Bratislava - splnomocnený za spoluprácu s MŽP SR 

Doc. Ing. Ján Derco, PhD. – Ústav chemického a environmentálneho inžinierstva, Fakulta chemickej a potravinárskej technológie, Slovenská technická univerzita Bratislava

Ing. Karol Kucman, PhD. – Výskumný ústav vodného hospodárstva Bratislava – zástupca AČE SR v European Water Association

Zloženie revíznej komisie pre obdobie 2009 – 2011

Doc. Ing. Miroslav Hutňan, PhD. – Ústav chemického a environmentálneho inžinierstva, Fakulta chemickej a potravinárskej technológie, Slovenská technická univerzita Bratislava – predseda

Ing. Peter Ďuroška – Podtatranská vodárenská spoločnosť Poprad

Ing. Vladimír Hlavačka, PhD. – EVH SK s.r.o. Bratislava