Snahou našej asociácie je pracovať efektívne bez zbytočnej byrokracie a administratívnych resp. réžijných nákladov. Okrem príjmov, ktoré zabezpečujeme priamo cez zmluvnú činnosť v rámci odborných a expertných aktivít našich členov, sú základným zdrojom financií získané granty a finančne nenáročné členské príspevky. Organizačnú štruktúru AČE SR je možné zhrnúť nasledovne:

Hlavným orgánom AČE SR je jej Valné Zhromaždenie. Medzi schôdzami valných zhromaždení koordinuje činnosť Výbor AČE SR a ním zabezpečovaný Sekretariát AČE SR. Aktivity Výboru kontroluje pre Valné zhromaždenie Revízna komisia. Pri plnení konkrétných odborných úloh zostavuje Výbor AČE SR ad hoc odborné skupiny, prípadne programové/organizačné výbory konferencií atď. a o ich činnosti podává informácie členskej základni AČE SR.

Zloženie súčasného výboru je:

Doc. Ing. Igor Bodík, PhD. – Oddelnie environmentálneho inžinierstva, Fakulta chemickej a potravinárskej technológie STU, Bratislava – predseda

Ing. Marián Bilanin, PhD. – Veolia StVPS Banská Bystrica – podpredseda

Ing. Miloš Dian – AVS Bratislava – sekretár

Ing. Peter Németh, PhD. – Duslo Šaľa – hospodár

Ing. Peter Belica, PhD. – Výskumný ústav vodného hospodárstva Bratislava

prof. Ing. Miloslav Drtil, PhD. – Oddelenie environmentálneho inžinierstva, Fakulta chemickej a potravinárskej technológie STU Bratislava

Ing. Karol Kucman, PhD. – Výskumný ústav vodného hospodárstva Bratislava

Zloženie súčasnej revíznej komisie je:

Doc. Ing. Miroslav Hutňan, CSc. – Oddelenie environmentálneho inžinierstva, Fakulta chemickej a potravinárskej technológie STU Bratislava – predseda

Ing. Peter Ďuroška – Podtatranská vodárenská spoločnosť Poprad

Ing. Vladimír Hlavačka, CSc. – EVH SK Bratislava